После того как я поигрался с docker-ом примерно неделю я обнаружил, что место на диске закончилось. Я предположил, что это случилось из-за установки множества проектов используя Dockerfile, и был прав. т.к. процесс установки создаёт отдельный образ для каждой строки из Dockerfile (каждый новый образ берёт за основу предыдущий), что ускоряет процесс сборки (т.к. при изменении Dockerfile нужно перестраивать только образы начиная со строки с изменением), но требует достаточно много места для хранения всего этого.